পাবলিক ডেটা বিশ্লেষণ
SARS-CoV-2 বংশের ডেটা এবং যে তারিখ থেকে নমুনা নেওয়া হয়েছিল চিলি থেকে পাওয়া ক্রমগুলি সেখান থেকে পাওয়া কনসারসিও জেনোমাস CoV2 সাইট থেকে প্রাপ্ত হয়েছিল https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global। বিজ্ঞান, প্রযুক্তি, জ্ঞান ও উদ্ভাবন মন্ত্রনালয়ের পাবলিক ডেটা থেকে টিকা দেওয়ার তথ্য পাওয়া যায় https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (পণ্য 83)।
সংক্রামকতা পরীক্ষা
আমরা পূর্বে বর্ণিত হিসাবে বিভিন্ন SARS-CoV-2 স্পাইক প্রোটিন বহনকারী সিউডোটাইপড ভাইরাস প্রস্তুত করা হয়েছিল12। সংক্ষেপে, HIV-1- ভিত্তিক SARS-CoV-2 সিউডোটাইপগুলি HEK293T কোষে pNL4.3-nEnv-Luc সংক্রামিত করে সংশ্লিষ্ট pCDNA-SARS-CoV-2 স্পাইক কোডিং ভেক্টরকে 1: 1 মোলার অনুপাতে তৈরি করা হয়েছিল। প্লাজমিডগুলি কোডন-অপ্টিমাইজড স্পাইক কোডিং করে যা সি-টার্মিনাল এন্ডের শেষ 19 টি অ্যামিনো অ্যাসিডের অভাব (SΔ19) এন্ডোপ্লাজমিক রেটিকুলামে ধারণ এড়াতে পরিচিত12 জিন সংশ্লেষণ বা কাস্টমাইজড সাইট-নির্দেশিত মিউটেজেনেসিস (জিনস্ক্রিপ্ট) দ্বারা প্রাপ্ত হয়েছিল এবং নিম্নলিখিত মিউটেশনগুলি রয়েছে: বংশ A (রেফারেন্স ক্রম), বংশ B (D614G), বংশ B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), বংশ P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) এবং বংশ C.37 (G75V, T76I) 246, L252Q, F452S, D490G, T614N)। প্রতিটি সিউডোটাইপ প্রস্তুতি ঘরের তাপমাত্রায় 859 rpm এ সেন্ট্রিফিউগেশন দ্বারা সাফ করা হয়েছিল, HIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems) ব্যবহার করে পরিমাপ করা হয়েছে, 24% ভ্রূণ বোভাইন সিরাম (সিগমা-অ্যালড্রিচ) এ বিভক্ত এবং -50 ° C পর্যন্ত সংরক্ষিত ব্যবহার HEK-ACE80 কোষকে সংক্রমিত করার জন্য বিভিন্ন পরিমাণে সিউডোটাইপড ভাইরাস (এইচআইভি -1 পি 24 প্রোটিনের মাত্রা দ্বারা নির্ধারিত) ব্যবহার করা হয়েছিল এবং 2 ঘন্টা পরে, একটি গ্লোম্যাক্স 48 মাইক্রোপ্লেটে লুসিফেরেজ অ্যাসে রিয়েজেন্ট (প্রমেগা) ব্যবহার করে ফায়ারফ্লাই লুসিফেরেজ কার্যকলাপ পরিমাপ করা হয়েছিল। লুমিনোমিটার (প্রমেগা)।
নিরপেক্ষকরণ পরীক্ষা
সিউডোটাইপড ভাইরাস নিউট্রালাইজেশন অ্যাসেসগুলি মূলত পূর্বে বর্ণনা করা হয়েছিল12। সংক্ষেপে, প্লাজমা নমুনার সিরিয়াল ডিলিউশন (1: 4 থেকে 1: 8748) DMEM- এ 10% ভ্রূণ বোভাইন সিরাম দিয়ে প্রস্তুত করা হয়েছিল এবং 5 ° C এ 24h এর সময় প্রতিটি সিউডোটাইপড ভাইরাসের 1 ng p37 দিয়ে ইনকিউবেটেড এবং তারপর, 1 × 104 প্রতিটি কূপে HEK-ACE2 কোষ যুক্ত করা হয়েছিল। HEK293T কোষগুলি (ACE2 প্রকাশ করে না) সিউডোটাইপড ভাইরাস (বংশ A) দ্বারা উদ্ভূত একটি নেতিবাচক নিয়ন্ত্রণ হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছিল। 48 ঘন্টা পরে কোষগুলিকে লাইস করা হয়েছিল, এবং একটি গ্লোম্যাক্স 96 মাইক্রোপ্লেট লুমিনোমিটার (প্রমেগা) -তে লুসিফেরেজ অ্যাস রিএজেন্ট (প্রমেগা) ব্যবহার করে অগ্নিকুণ্ড লুসিফেরেজ কার্যকলাপ পরিমাপ করা হয়েছিল। প্রতিটি পাতলা করার জন্য নিরপেক্ষতার শতাংশ গণনা করা হয়েছিল এবং প্রতিটি নমুনার ID50 গ্রাফপ্যাড প্রিজম সংস্করণ 9.0.1 ব্যবহার করে গণনা করা হয়েছিল।
পরিসংখ্যানিক বিশ্লেষণ
গ্রাফপ্যাড প্রিজম সফ্টওয়্যার সংস্করণ 9.1.2 ব্যবহার করে পরিসংখ্যান বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। SARS-CoV-2 সিউডোটাইপড ভাইরাসের একটি প্যানেলের বিরুদ্ধে অ্যান্টিবডি টাইটার (এনএবিটি) নিরপেক্ষ করার জন্য একাধিক গ্রুপ তুলনা এবং সেইসাথে লিঙ্গ এবং ধোঁয়া অবস্থা দ্বারা এনএবিএস প্রতিক্রিয়াগুলির তুলনা একটি জোড়া উইলকক্সন স্বাক্ষরিত-পরীক্ষা পরীক্ষা ব্যবহার করে করা হয়েছিল। আইডিতে জ্যামিতিক গড় টিটারের পার্থক্য হিসাবে ফ্যাক্টর পরিবর্তন গণনা করা হয়েছিল50 ওয়াইল্ড টাইপ সিউডোটাইপড ভাইরাসের তুলনায়। স্পিয়ারম্যানের পরীক্ষা ব্যবহার করে এনএবিটি এবং বয়স বা বিএমআইয়ের মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্ক বিশ্লেষণ করা হয়েছিল। সংক্রামকতার পরিসংখ্যান বিশ্লেষণের জন্য একমুখী আনোভা এবং টুকির একাধিক তুলনা পরীক্ষা করা হয়েছিল। একটি p মান -0.05 পরিসংখ্যানগতভাবে তাৎপর্যপূর্ণ হিসেবে বিবেচিত হত।
নৈতিক অনুমোদন
স্টাডি প্রোটোকলটি ইউনিভার্সিডাদ ডি চিলির মেডিসিন অনুষদের নৈতিক কমিটি (প্রকল্প N ° 0361-2021 এবং N ° 096-2020) এবং ক্লিনিকা সান্তা মারিয়া (প্রকল্প N ° 132604-21) দ্বারা অনুমোদিত হয়েছিল। সমস্ত দাতারা অবহিত সম্মতিতে স্বাক্ষর করেছিলেন এবং তাদের নমুনাগুলি বেনামী করা হয়েছিল।
ল্যাম্বদা বৈকল্পিকের স্পাইক মিউটেশনের প্রভাব সংক্রামকতা এবং অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়াগুলিকে নিরপেক্ষ করে
3695 জুন অনুযায়ী জিআইএসএআইডি -তে জমা করা চিলির 24 ক্রমগুলির বিশ্লেষণth ২০২১ সর্বশেষ ত্রৈমাসিক হিসাবের সময় SARS-CoV-2021 বৈকল্পিক গামা এবং ল্যাম্বডা-এর একচ্ছত্র আধিপত্য দেখায়, একসাথে, সমস্ত ক্রমের%%।
মজার বিষয় হল, এই সময়টি একটি ব্যাপক টিকা অভিযান দ্বারা চিহ্নিত করা হয়েছে যেখানে লক্ষ্যযুক্ত জনসংখ্যার .65.6৫..18% (১ years বছর বা তার বেশি বয়সী ব্যক্তি) ২ June জুন অনুযায়ী একটি সম্পূর্ণ টিকাদান প্রকল্প পেয়েছেth 2021
একটি সম্পূর্ণ স্কিমের মাধ্যমে টিকা দেওয়া 78.2% মানুষ সিনোভ্যাক বায়োটেক থেকে নিষ্ক্রিয় ভাইরাস ভ্যাকসিন করোনাভ্যাক পেয়েছে, আমরা এই ভ্যাকসিন দ্বারা প্রাপ্ত অ্যান্টিবডিগুলির নিরপেক্ষ ক্ষমতার উপর ল্যাম্বদা ভেরিয়েন্টে উপস্থিত স্পাইক মিউটেশনের প্রভাব তদন্ত করতে চেয়েছিলাম।
এর জন্য, আমরা উহান -১ রেফারেন্স বংশ (ওয়াইল্ড টাইপ; বংশ A), D1G মিউটেশন (বংশ B), এবং আলফা (বংশ B) থেকে স্পাইক প্রোটিন বহনকারী এইচআইভি -১-ভিত্তিক সার্স-কোভ -২ ছদ্মযুক্ত ভাইরাস তৈরি করেছি .2), গামা (বংশ P.1) এবং ল্যাম্বদা (বংশ C.614) রূপ।
ভাইরাস প্রস্তুতির সময়, আমরা ধারাবাহিকভাবে লক্ষ্য করেছি যে ল্যাম্বডা স্পাইক বহনকারী ছদ্মযুক্ত ভাইরাস দ্বারা সংক্রামিত কোষগুলি D614G মিউট্যান্ট বা আলফা এবং গামা বৈকল্পিকের তুলনায় উল্লেখযোগ্য উচ্চতর বায়োলুমিনেসেন্স মান তৈরি করে যা ল্যাম্বদা স্পাইক প্রোটিন দ্বারা চালিত সংক্রামকতাকে নির্দেশ করে
চিত্র 1বিভিন্ন স্পাইক প্রোটিন দ্বারা মধ্যস্থতায় সংক্রামকতা।
(A) SARS-CoV-2 স্পাইক প্রোটিনের পরিকল্পিত উপস্থাপনা এবং এই গবেষণায় ব্যবহৃত রূপগুলি। বংশগুলি বন্ধনীতে নির্দেশিত। আরবিডি, রিসেপ্টর-বাইন্ডিং ডোমেইন, সিএম; সাইটোপ্লাজমিক লেজ।
(খ) HIV-1 p24 এর সমতুল্য পরিমাণ ব্যবহার করে প্রতিটি বংশের ছদ্ম প্রকারের টাইট্রেশন। ইনফেকশনের 48 ঘণ্টা পর ফায়ারফ্লাই লুসিফেরেজ কার্যকলাপ আপেক্ষিক লুমিনেসেন্স ইউনিট (আরএলইউ) হিসাবে পরিমাপ করা হয়েছিল। একটি প্রতিনিধি ত্রিভুজ পরীক্ষা থেকে গড় এবং এসডি গণনা করা হয়েছিল।
এরপরে, আমরা চিলির সান্তিয়াগোতে ইউনিভার্সিডাদ ডি চিলি এবং ক্লিনিকা সান্তা মারিয়া থেকে স্বাস্থ্যসেবা কর্মীদের 79 টি প্লাজমা নমুনা ব্যবহার করে নিরপেক্ষতা পরীক্ষা করার জন্য উপরে উল্লিখিত ছদ্মযুক্ত ভাইরাসগুলি ব্যবহার করেছি।
আমরা 4 টি নমুনা বাদ দিয়েছি কারণ আমরা ID50 টিটার গণনা করতে পারিনি। বিশ্লেষণকৃত নমুনাগুলি থেকে, 73% মহিলাদের সাথে সম্পর্কিত, মধ্য বয়স 34 বছর (IQR 29 - 43) এবং শরীরের সর্বোচ্চ সূচক (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27)। প্রতিষেধক সময়কাল চলাকালীন অংশগ্রহণকারীদের মধ্যে 20.5% সক্রিয় ধূমপায়ী বলে ঘোষণা করেছে। করোনাভ্যাক ভ্যাকসিনের দ্বিতীয় ডোজের পর days৫ দিনের (IQR 95 - 76) মধ্যবর্তী সময়ে নমুনা সংগ্রহ করা হয়েছিল
আমরা লক্ষ্য করেছি যে ওয়াইল্ড টাইপ স্পাইক প্রোটিন বহনকারী সিউডোটাইপড ভাইরাসকে নিরপেক্ষ করার ফলে 50% ইনহিবিটরি ডিলিউশন (আইডি50191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,) এর টাইটার মানে, যখন এটি 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI) ) এবং 78.75 (49.8 - 107.6, 95% CI) সিউডোটাইপড ভাইরাসের জন্য যথাক্রমে D614G মিউট্যান্ট বা আলফা, গামা এবং ল্যাম্বদা রূপ থেকে স্পাইক প্রোটিন বহন করে।
আমরা এটাও দেখেছি যে আইডির জ্যামিতিক মানে টাইটার50 ল্যাম্বদা স্পাইক বহনকারী ছদ্মযুক্ত ভাইরাসের জন্য 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI), গামা স্পাইকের জন্য 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI), 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) এর ফাইটার দ্বারা টাইটার হ্রাস পেয়েছে। আলফা স্পাইকের জন্য এবং 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) D614G স্পাইকের জন্য যখন ওয়াইল্ড টাইপ স্পাইকের তুলনায়।
লিঙ্গ, বয়স, বডি-মাস ইনডেক্স (বিএমআই) বা ধোঁয়ার স্থিতি এবং নিরপেক্ষ অ্যান্টিবডি টাইটারের মধ্যে কোন সম্পর্ক নেই আমাদের গবেষণায়।
চিত্র 2করোনাভ্যাক ভ্যাকসিন থেকে প্লাজমা নমুনা ব্যবহার করে নিরপেক্ষকরণ পরীক্ষা
(ক) পারস্পরিক 50% নিরপেক্ষকরণ শিরোনামে পরিবর্তন (আইডি50) D75G (বংশ B), আলফা (বংশ B.614) এর বিরুদ্ধে করোনাভ্যাক ভ্যাকসিনের recip৫ জন প্রাপকের প্লাজমা নমুনায়,
বন্য ধরণের ভাইরাসের তুলনায় গামা (বংশ P.1) এবং ল্যাম্বদা (বংশ C.37) রূপ। ফলাফলগুলি মিলে যাওয়া নমুনার নিরপেক্ষকরণ শিরোনামে পার্থক্য হিসাবে দেখানো হয়। আইডি তুলনার জন্য পি মান50 উইলকক্সন স্বাক্ষরিত-র rank্যাঙ্ক পরীক্ষার মাধ্যমে গণনা করা হয়।
(B) বক্স প্লট আইডির মধ্যম এবং অন্তর্বর্তী পরিসর (IQR) নির্দেশ করে50 প্রতিটি সিউডোটাইপড ভাইরাসের জন্য। আইডি তে জ্যামিতিক গড় টিটারের পার্থক্য হিসেবে ফ্যাক্টর পরিবর্তন দেখানো হয়50 ওয়াইল্ড টাইপ সিউডোটাইপড ভাইরাসের তুলনায়। উইলকক্সন মিলে-জোড়া স্বাক্ষর-র rank্যাঙ্ক পরীক্ষা ব্যবহার করে পরিসংখ্যান বিশ্লেষণ করা হয়েছিল।
একসাথে, আমাদের তথ্য প্রকাশ করেছে যে চিলি এবং দক্ষিণ আমেরিকার দেশগুলিতে প্রচলিত আগ্রহের নতুন স্বীকৃত বৈকল্পিক স্পাইক প্রোটিন, যা সংক্রামকতা বৃদ্ধি করে এবং করোনাভ্যাক দ্বারা প্রাপ্ত অ্যান্টিবডিগুলিকে নিরপেক্ষ করার ক্ষমতা থেকে মুক্তির ক্ষমতা বহন করে।
